A Comic-Con assumiu o show em 2002 e mudou-o de Oakland para o centro de São Francisco em 2003. Após 15 anos como um evento da Bay Area, o WonderCon foi forçado a se mudar para Anaheim em 2012, devido à construção em sua casa em São Francisco, o Centro Mosca. Desde 2012, o evento – agora chamado Comic-Con International Presents WonderCon Anaheim – é realizado no sul da Califórnia, no Anaheim Convention Center. Embora ainda haja a esperança de um dia retornar o show à s suas raÃzes em San Francisco e Bay Area, a WonderCon Anaheim continuou a crescer em sua casa no sul da Califórnia.
A WonderCon Anaheim continuou a crescer em sua casa no sul da Califórnia. Em 2016, a WonderCon mudou-se para Los Angeles por um ano, enquanto o Anaheim Convention Center estava em construção em um novo prédio. O show voltou a Anaheim em 2017 e, em 2018, 66,000 fãs lotaram o recém-expandido Anaheim Convention Center de todo o mundo.
WonderCon é o programa irmão da Comic-Con, abrangendo todos os aspectos principais do SDCC, incluindo quadrinhos, filmes, TV, animação, Masquerade e muito mais. O evento cresceu em todos os aspectos ao longo dos anos: mais participantes, mais expositores, mais programação e mais diversão. Em sua encarnação atual baseada em Anaheim, a WonderCon continua a ser um evento obrigatório na programação da convenção de quadrinhos.