Comic-Con nam de show over in 2002 en verplaatste het in 2003 van Oakland naar het centrum van San Francisco. Na 15 jaar als een Bay Area-evenement, moest WonderCon in 2012 naar Anaheim verhuizen vanwege bouwwerkzaamheden aan zijn huis in San Francisco, de Moscone centrum. Sinds 2012 wordt het evenement - nu Comic-Con International Presents WonderCon Anaheim genoemd - gehouden in Zuid-Californië, in het Anaheim Convention Center. Hoewel het nog steeds de hoop is om de show op een dag terug te brengen naar zijn wortels in San Francisco en Bay Area, is WonderCon Anaheim blijven groeien in zijn thuis in Zuid-Californië.
WonderCon Anaheim is blijven groeien in zijn huis in Zuid-Californië. In 2016 verhuisde WonderCon voor een jaar naar Los Angeles terwijl het Anaheim Convention Center in aanbouw was in een nieuw gebouw. De show keerde in 2017 terug naar Anaheim en in 2018 pakten 66,000 fans het onlangs uitgebreide Anaheim Convention Center van over de hele wereld.
WonderCon is de zustershow van Comic-Con en omvat alle belangrijke aspecten van SDCC, waaronder strips, films, tv, animatie, de Masquerade en meer. Het evenement is door de jaren heen in alle opzichten gegroeid: meer bezoekers, meer exposanten, meer programmering en meer gezelligheid. In zijn huidige incarnatie in Anaheim blijft WonderCon een must-attend-evenement op het schema van de stripboekconventie.