קומיק-קון השתלטה על התערוכה ב-2002 והעבירה אותה מאוקלנד למרכז העיר סן פרנסיסקו ב-2003. לאחר 15 שנים כאירוע באיזור המפרץ, WonderCon נאלצה לעבור לאנהיים ב-2012, עקב בנייה בביתה בסן פרנסיסקו, מרכז מוסקונה. מאז 2012, האירוע - שנקרא כעת Comic-Con International Presents WonderCon Anaheim - נערך בדרום קליפורניה, במרכז הכנסים של אנהיים. למרות שזו עדיין התקווה להחזיר את המופע יום אחד לשורשים שלה בסן פרנסיסקו ובאזור המפרץ, WonderCon Anaheim המשיכה לצמוח בביתה בדרום קליפורניה.
WonderCon Anaheim המשיכה לצמוח בביתה בדרום קליפורניה. בשנת 2016, WonderCon עברה ללוס אנג'לס למשך שנה אחת בזמן שמרכז הכנסים של אנהיים נמצא בבנייה של בניין חדש. התוכנית חזרה לאנהיים ב-2017, וב-2018, 66,000 מעריצים גדשו את מרכז הכנסים של אנהיים שהורחב לאחרונה מכל רחבי העולם.
WonderCon היא התוכנית האחות של Comic-Con, המאמצת את כל ההיבטים העיקריים של SDCC, כולל קומיקס, סרטים, טלוויזיה, אנימציה, מסכות, ועוד. האירוע גדל בכל ההיבטים עם השנים: יותר משתתפים, יותר מציגים, יותר תכנות, ועוד כיף. בגלגול הנוכחי שלה מבוסס אנהיים, WonderCon ממשיך להיות אירוע חובה בלוח הזמנים של כנס הקומיקס.