La Comic-Con es va fer càrrec de l'espectacle el 2002 i el va traslladar d'Oakland al centre de San Francisco el 2003. Després de 15 anys com a esdeveniment de la zona de la badia, WonderCon es va veure obligat a traslladar-se a Anaheim el 2012, a causa de la construcció de la seva casa de San Francisco, el Centre Moscone. Des del 2012, l'esdeveniment, ara anomenat Comic-Con International Presents WonderCon Anaheim, se celebra al sud de Califòrnia, al Anaheim Convention Center. Tot i que encara és l'esperança de tornar algun dia l'espectacle a les seves arrels de San Francisco i la zona de la badia, WonderCon Anaheim ha continuat creixent a la seva casa del sud de Califòrnia.
WonderCon Anaheim ha continuat creixent a la seva casa del sud de Califòrnia. El 2016, WonderCon es va traslladar a Los Angeles durant un any mentre el Centre de Convencions d'Anaheim estava en construcció d'un nou edifici. L'espectacle va tornar a Anaheim el 2017 i el 2018, 66,000 fans van omplir el recentment ampliat Anaheim Convention Center d'arreu del món.
WonderCon és el programa germà de la Comic-Con, que inclou tots els aspectes principals de SDCC, inclosos còmics, pel·lícules, televisió, animació, Masquerade i molt més. L'esdeveniment ha anat creixent en tots els aspectes al llarg dels anys: més assistents, més expositors, més programació i més diversió. En la seva actual encarnació basada a Anaheim, WonderCon continua sent un esdeveniment imprescindible a la programació de convencions de còmics.